Die Bischöfliche Canisiusschule verfügt im Bereich der Naturwissenschaften über 6 modern eingerichtete Übungsräume, in denen von den Lernenden Experimente durchgeführt werden können. Sie sind mit Smart-Boards ausgestattet, so dass zeitgemäßer Unterricht durch den Einsatz digitaler Medien möglich ist. Auch die Klassenräume, in denen der Mathematik-Unterricht stattfindet, sind mit White-Boards ausgestattet. Zusätzlich verfügt die Schule über portable Notebook- und Tablet-Klassen, die im Unterricht flexibel eingesetzt werden können. Für den Informatik-Unterricht verfügt die Schule über zwei gut ausgestattete Informatik-Räume mit insgesamt 30 Computer-Arbeitsplätzen. Für die YouTube- und Tontechnik-AG verfügt die Schule über ein sehr gut ausgestattetes Film- und Tonstudio.